Ο Ναός του Πρωτάτου οφείλει το όνομά του στο αξίωμα του «Πρώτου» δηλαδή του Ηγουμένου της Μονής του Άθωνος που ήδη από τον 9ο αι. είχε την πρωτοκαθεδρία μεταξύ των άλλων ηγουμένων του Όρους. Στο ναό του Πρωτάτου, που είναι αφιερωμένος στην κοίμηση της Θεοτόκου, γίνονται όλες οι επίσημες τελετές της ιερής κοινότητας, εδώ και πάνω από δέκα αιώνες.
Ο ναός κτίστηκε στη θέση παλαιοτέρου ναού, που είχε οικοδομηθεί στο τέλος του 9ου αι. Ο σημερινός ναός κτίστηκε, πιθανόν, στα μέσα του 10ου αι, είναι ο αρχαιότερος ναός από όλα τα καθολικά του Αγίου Όρους, και έχει διαφορετικό αρχιτεκτονικό τύπο.
Στο ιερό βήμα φυλάσσεται η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας το «Άξιον Εστί», που χρονολογείται στο 10ο αι. και είναι η πιο σεβαστή εικόνα για όλο το Άγιο Όρος.
Οι τοιχογραφίες του Ναού του Πρωτάτου είναι έργο του μυθικού ζωγράφου από τη Θεσσαλονίκη, του Μανουήλ Πανσέληνου, του κυριοτέρου εκπροσώπου της «Μακεδονικής σχολής», που ήκμασε στις αρχές του 14ου αι., ενώ τις φορητές εικόνες του μαρμάρινου τέμπλου έχει ζωγραφίσει ο Θεοφάνης Στερλίτσας, ο Κρής, το 16ο αι.
Οι τοιχογραφίες, που χρονολογούνται στα τέλη του 13ου αιώνα, είναι το σημαντικότερο σύνολο μνημειακής ζωγραφικής στο Άγιο Όρος. Οι τοιχογραφίες του Ναού του Πρωτάτου θεωρούνται σήμερα ως ένα από τα αριστουργήματα της βυζαντινής ζωγραφικής του Αγίου Όρους, που ξεχωρίζει ανάμεσα στο σύνολο των τοιχογραφιών, που κοσμούν τις εκκλησίες και τις τράπεζες των μονών.
Η ζωγραφική του Πρωτάτου αποτελεί κειμήλιο. Είναι έργο της ακμής της Μακεδονικής σχολής, που την χαρακτηρίζει η ελευθερία, ο νατουραλισμός, η λάμψη των χρωμάτων, και η δραματική πνοή. Το καλλιτεχνικό αυτό ρεύμα, που θεωρείται η Αναγέννηση των Παλαιολόγων, μεγαλούργησε σε πολλές επικράτειες του Βυζαντινού κράτους, στη Μακεδονία, στη Σερβία, στο Μυστρά και στη Ρωσία. Ο Πανσέληνος εκφράζει με τον πιο δυνατό τρόπο αυτό το πνεύμα, που δημιούργησε ένα εξαιρετικό αγιογραφικό σύνολο.
Με το έργο του πρωτάτου κλείνει ένας ολόκληρος κύκλος της βυζαντινής αγιογραφίας, με τον ανήσυχο νατουραλισμό, που εξέφρασε η «Μακεδονική Σχολή».
